Pestrost in raznolikost živalskega sveta je posledica lega Bohinja, velika višinska razlika vpliv Sredozemskega morja in geološka podlaga. Med rastlinojedimi živalmi je najznačilnejši gams, ki z zlatimi rogovi nastopa v pripovedki o Zlatorogu. Iz centralnih Alp je bil znova naseljen kozorog, ki je bil iztrebljen pred več kot 300 leti. Prav tako so v 20 st. naselili svizca. Med mesojedimi večjimi živalmi so najbolj značilni ris, divja mačka in rjavi medved, ki pa so v Bohinju zelo redki. Med sesalci moramo omeniti še kuno belico, kuno zlatico in planinskega zajca. V Bohinju živita dve zanimivi kuri, veliki petelin in ruševec. Med pticami je potrebno omeniti planinskega orla. Poleg naštetih živi v Bohinju preko 100 vrst ptic. Med kačami sta najbolj znana strupena modras in gad.
V bohinjskih vodah živi več vrst rib. Avtohtone so potočna postrv, lipan in menek. Zlatovčica je bila vložena v jezero med drugo svetovno vojno.
